Самый мощный в мире суперкомпьютер Summit задействовали для поиска средств излечения от коронавируса
10.03.2020
Исследователи из Национальной лаборатории Ок-Ридж (ORNL) использовали самый мощный в мире суперкомпьютер Summit для определения 77 низкомолекулярных лекарственных соединений, которые могут быть полезны для дальнейших исследований в борьбе с коронавирусом SARS-CoV-2, ответственным за вспышку инфекции COVID-19.
Два исследователя — Джереми С. Смит (Jeremy C. Smith) и Михолас Смит (Micholas Smith) — выполнили моделирование на суперкомпьютере Summit с более чем 8000 соединений для отбора тех, которые с наибольшей вероятностью могут связываться с основным шиповидным белком коронавируса, чтобы сделать его неспособным инфицировать клетки-хозяева.
Исследователи оценили соединения, представляющие интерес, которые могут иметь значение в экспериментальных исследованиях вируса, и опубликовали результаты в ChemRxiv.
Идея родилась из возникшего интереса к тому, как проникает коронавирус в клетки-хозяева. Когда китайские исследователи установили генетическую связь последовательности его генома, они обнаружили, что он заражает организм с помощью одного из тех же механизмов, что и вирус острой респираторной недостаточности, или вирус атипичной пневмонии, который распространился в 26 странах во время эпидемии в 2003 году. Сходство между двумя структурами вируса облегчило изучение нового коронавируса. Джереми С. Смит (Jeremy C. Smith), профессор Университета штата Теннесси (Юта) и директор Центра молекулярной биофизики UT / ORNL, исходил из того, что два вируса могут даже проникать в клетку одинаковым путём.
Учёным предоставили время для работы на суперкомпьютере Summit, базирующемся на тысячах процессоров NVIDIA Tesla V100 Tensor Core и IBM POWER9. Суперкомпьютер Summit способен выполнять 200 квадриллионов вычислений в секунду — вычислительная мощность примерно в миллион раз больше, чем у среднего ноутбука.
Михолас Смит использовал программный пакет GROMACS, оптимизированный для графического процессора, для выполнения молекулярно-динамического моделирования, которое анализирует движения атомов и частиц в белке. Он производил моделирование стыковки различных соединений с S-белком коронавируса, чтобы определить, может ли какое-либо из них предотвратить его прилипание к клеткам человека.
После того как на сайте Science была опубликована высокоточная модель S-белка, команда учёных планирует вновь провести исследование с использованием этой новой версии.
«Summit потребовался, чтобы быстро получить необходимые результаты моделирования. Это заняло у нас день или два, тогда как на обычном компьютере это заняло бы месяцы, — отметил Джереми Смит. — Полученные результаты не означают, что мы нашли лекарство или способ лечения от уханьского коронавируса. Тем не менее, мы очень надеемся, что результаты вычислений послужат основой для будущих исследований, и экспериментаторы будут использовать их для дальнейшего изучения этих соединений».
-
23.04.2024
Не по средствам: большинство госкомпаний не имеет планов и возможностей перейти на отечественное ПО -
23.04.2024
Состоялся релиз новой версии операционной системы Kaspersky Thin Client для тонких клиентов -
23.04.2024
Gartner: затраты в области ЦОД в 2024 году вырастут на 10 % и достигнут $260 млрд
Новости IT бизнеса
- Acer
- Aerocool
- AMD
- APC
- Apple
- Aquarius
- Asrock
- Asus
- AVT
- Blackmagicdesign
- Brother
- Canon
- Chieftec
- Cisco
- Corsair
- Crucial
- D-Link
- Deepcool
- DELL
- Digis
- DOKO
- Eaton
- EDCOMM
- EliteBoard
- ELTEX
- Epson
- EXEGATE
- Fanvil
- Felix
- Foxconn
- Foxline
- FSP
- Fujitsu
- Geckotouch
- Genius
- Gigabyte
- Glacialtech
- Hewlett Packard
- HP
- IBM
- INFOCUS
- Intel
- IQBoard
- ITK
- Juniper
- Kingston
- Kyocera
- Lenovo
- Lenovo Consumer
- Lenovo SMB
- Lexmark
- LG
- Logitech
- Lumien
- Microsoft
- Mikrotik
- MSI
- NVIDIA
- ONEPLUS
- Optoma
- Pantum
- PNY
- Powercom
- Powercool
- Prestigio
- Promobot
- Q-Dion
- QUMO
- Ricoh
- Samsung
- Seagate
- Skilo
- Sony
- STM
- Supermicro
- Thermaltake
- Titan
- Toshiba
- TRIUMPH BOARD
- Ubiquiti
- ViewSonic
- VIVOCOMP
- Wize
- Xerox
- Xiaomi
- Zalman
- Катюша
- Яндекс