Ваша корзина ждет товаров

Самый мощный в мире суперкомпьютер Summit задействовали для поиска средств излечения от коронавируса

10.03.2020

Исследователи из Национальной лаборатории Ок-Ридж (ORNL) использовали самый мощный в мире суперкомпьютер Summit для определения 77 низкомолекулярных лекарственных соединений, которые могут быть полезны для дальнейших исследований в борьбе с коронавирусом SARS-CoV-2, ответственным за вспышку инфекции COVID-19.

Два исследователя — Джереми С. Смит (Jeremy C. Smith) и Михолас Смит (Micholas Smith) — выполнили моделирование на суперкомпьютере Summit с более чем 8000 соединений для отбора тех, которые с наибольшей вероятностью могут связываться с основным шиповидным белком коронавируса, чтобы сделать его неспособным инфицировать клетки-хозяева.

Исследователи оценили соединения, представляющие интерес, которые могут иметь значение в экспериментальных исследованиях вируса, и опубликовали результаты в ChemRxiv.

Идея родилась из возникшего интереса к тому, как проникает коронавирус в клетки-хозяева. Когда китайские исследователи установили генетическую связь последовательности его генома, они обнаружили, что он заражает организм с помощью одного из тех же механизмов, что и вирус острой респираторной недостаточности, или вирус атипичной пневмонии, который распространился в 26 странах во время эпидемии в 2003 году. Сходство между двумя структурами вируса облегчило изучение нового коронавируса. Джереми С. Смит (Jeremy C. Smith), профессор Университета штата Теннесси (Юта) и директор Центра молекулярной биофизики UT / ORNL, исходил из того, что два вируса могут даже проникать в клетку одинаковым путём.

Учёным предоставили время для работы на суперкомпьютере Summit, базирующемся на тысячах процессоров NVIDIA Tesla V100 Tensor Core и IBM POWER9. Суперкомпьютер Summit способен выполнять 200 квадриллионов вычислений в секунду — вычислительная мощность примерно в миллион раз больше, чем у среднего ноутбука.

Михолас Смит использовал программный пакет GROMACS, оптимизированный для графического процессора, для выполнения молекулярно-динамического моделирования, которое анализирует движения атомов и частиц в белке. Он производил моделирование стыковки различных соединений с S-белком коронавируса, чтобы определить, может ли какое-либо из них предотвратить его прилипание к клеткам человека.

После того как на сайте Science была опубликована высокоточная модель S-белка, команда учёных планирует вновь провести исследование с использованием этой новой версии.

«Summit потребовался, чтобы быстро получить необходимые результаты моделирования. Это заняло у нас день или два, тогда как на обычном компьютере это заняло бы месяцы, — отметил Джереми Смит. — Полученные результаты не означают, что мы нашли лекарство или способ лечения от уханьского коронавируса. Тем не менее, мы очень надеемся, что результаты вычислений послужат основой для будущих исследований, и экспериментаторы будут использовать их для дальнейшего изучения этих соединений».

В будущем серверный сегмент обеспечит AMD до 30 % выручки Стоечное хранилище QNAP TS-1886XU-RP оснащено шестью отсеками для SSD